要在口袋妖怪火红的七之岛找到红宝石和蓝宝石，核心流程是完成一周目冠军挑战后，前往一之岛触发剧情，依次在一之岛灯火山洞窟深处取得红宝石，在六之岛的点之穴迷宫取得蓝宝石（中途会被抢走），最后前往五之岛的火箭队仓库击败对手夺回蓝宝石。
开始寻找宝石前，你需要先成为关都地区的冠军，即击败四天王和冠军完成一周目。确保你的宝可梦图鉴登记种类超过60种，大木博士会将你的图鉴升级为全国图鉴，这时才能触发前往七之岛的剧情。接着前往枯叶市的港口，乘船抵达第一个岛屿即一之岛。在一之岛的精灵中心与网络中心的研究员阿锦对话，他会告诉你新系统的运行需要红宝石，并请求你帮忙寻找。
从一之岛前往灯火山，在东侧你会遇到火箭队成员把守一个山洞，击败他们后进入。在山洞深处，你可以直接发现红宝石。拿到红宝石后，返回一之岛的精灵中心将其交给研究员阿锦。作为回报，他会赠予你彩虹通行证，凭借这张船票你就可以自由往返于各个岛屿了，同时他还会拜托你继续寻找另一块蓝宝石。
寻找蓝宝石的过程则更为曲折，需要前往六之岛和五之岛。使用彩虹通行证乘船抵达六之岛。到达后，你需要前往岛屿南边的绿色小径，然后冲浪向左上方前进，找到并进入点之穴。点之穴是一个需要按特定顺序跳跃洞穴的迷宫，正确的走法是依次跳入面前、上方、左边、右边，最后是下方的洞穴。到达底层后，你就能找到蓝宝石，但刚拿到手就会被尾随的火箭队成员抢走，不过他会留下一段关于火箭队仓库的密码。
带着密码飞到五之岛，在岛屿的东南侧找到火箭队仓库。仓库门需要两段密码才能打开，你之前在一之岛山洞击败火箭队时已经获得了第一段，在六之岛获得的是第二段。输入密码进入仓库，里面有不少火箭队成员，需要一路战斗。在仓库的最深处，你会遇到抢走蓝宝石的科学家，击败他后就能成功夺回蓝宝石。带着蓝宝石回到一之岛的网络中心交给阿锦，他就能完成通讯设备的修复，之后游戏便会开放与宝石版的通信等功能。
有几项准备能让你更顺利。确保你的队伍中有掌握了冲浪、居合斩、怪力等秘传技的宝可梦，这些技能在穿越水道、砍开障碍和推动岩石时必不可少。七之岛上的训练家实力不弱，建议在出发前将主力宝可梦等级适当提升，并备足恢复药剂。完成宝石任务后，七之岛还隐藏着许多可探索内容，例如训练师之塔、未知图腾遗迹以及捕捉超梦的华蓝洞窟等。
