口袋妖怪火红七之岛的红宝石在一之岛灯火山洞穴获取，蓝宝石需先在六之岛点之穴找到、再从五之岛火箭队仓库夺回，集齐后可解锁全七岛通行与跨区通讯功能。
开启七之岛宝石任务前，需先完成一周目并升级全国图鉴，集齐60种宝可梦后前往枯叶市码头坐船抵达一之岛。到达后直奔岛上宝可梦网络中心与研究员锦辉对话触发找红宝石任务，随后沿火照山道前往灯火山，途中灯火温泉处可获取秘传机器碎岩。灯火山山脚会遇到火箭队手下，击败后进入洞穴，深处即可找到红宝石，同时记下他们提及的仓库密码。
拿到红宝石后返回一之岛交给锦辉，获得七彩通行船券，开启后续岛屿探索权限。前往四之岛后，在冻瀑洞窟获取秘传机器攀瀑，协助科拿击败火箭队成员，解锁蓝宝石相关剧情。接着前往六之岛，经水之步道与绿之步道抵达标志之林，进入南侧的点之穴，使用居合斩打开铁门，按上、左、右、下的顺序跳洞，深处可找到蓝宝石，但会被研究员抢走并留下第二个仓库密码。
前往五之岛，在岛屿中央找到火箭队仓库，输入两个密码开门，仓库内布满训练家与机关，需逐一击败对手并破解迷宫，最终夺回蓝宝石。返回一之岛将蓝宝石交给锦辉，完成核心宝石任务，此时可自由往返全七岛，解锁跨地区宝可梦通讯功能。
七之岛其余岛屿也有丰富玩法，二之岛可接取寻回小女孩任务获取月之石，三之岛BerryForest可捕捉稀有宝可梦，七之岛TrainerTower有高难度timed对战挑战，通关可获稀有道具，TanobyRuins可捕捉未知图腾，推动洞穴石头解谜后即可解锁捕捉权限。完成宝石主线后探索这些区域，能进一步丰富宝可梦阵容与道具储备。
