修复圣器作为图16主线的核心目标，其首要难点在于流程的漫长与步骤的层层嵌套。玩家在通关图15后，需要立即筹备一笔巨量的基础资源用于修船，这包括40万木材、20万铁和5万秘银，对于刚刚踏入新地图的玩家而言，这是一笔不小的初期投入。修船仅仅是开端，随后玩家需要面对的是数个拥有极高属性门槛的据点，这些据点要求队伍的力量、速度、技巧或魔力必须达到950甚至1050点，并且无法通过战斗中换人的方式取巧，这强制要求玩家的队伍培养必须达到相当的水准。在清理这些据点的过程中，还需要击败多个机制各异的小BOSS，任何一环的卡壳都会导致整个流程停滞，这种线性强、容错低的推进方式构成了攻略的第一道高墙。
攻略的核心难点进一步体现在多个高强度且机制复杂的BOSS战上。整个流程中，玩家需要依次挑战破甲枪、鱼人投手、幽灵水母、海月水母和老迈鱼人等据点守卫，每个BOSS都需要针对其技能特点调整阵容和装备，例如部分BOSS自带高眩晕或瘟疫效果，对队伍的防御配置和异常状态抗性提出了细致要求。在获取关键道具海盗钩子和海妖心脏时，更是需要队伍的技巧与魔力属性分别达到1000点，这又是一次硬性的属性考核。击败女船长和后续的熔岩巨人也非易事，它们通常伴狂暴计时机制或强力的范围伤害，要求玩家在限时内完成击杀，对输出的稳定性和队伍的生存能力都是严峻考验。
整个修复圣器之旅对玩家的耐心与资源管理能力提出了极高要求，其中一个标志性的难点是航海日志的收集。根据早期设定，玩家需要每天在地图上寻找随机刷新的海盗头目，并概率掉落日志，总计需要集齐6份。这个过程充满了不确定性，可能延长攻略周期数日之久，极大地考验着玩家的心态。地图上遍布着各种组合的暗雷小怪，它们在玩家移动时随机触发，不仅消耗食物和精力，其战斗配置（如多个剧毒水母搭配荧光水母）也可能对挖矿队或配置不完善的队伍造成威胁，使得整个探索过程步步惊心，无法有片刻松懈。
最终的难点凝结在圣器本身的激活环节。即便玩家历经千辛万苦拿到了暗淡的圣器，它也并非立即可用。玩家需要将其带回修道院，再前往教堂，从而开启三个终极守护者的挑战：位于图16的深海之主、图15的黄沙之主以及图6的雪原之主。这意味着玩家必须离开当前地图，重返旧地，并根据不同守护者的特性（如深海之主可能偏重魔法攻击、黄沙之主可能设定有狂暴时间）重新调整战术和队伍配置。这三个BOSS战作为获取圣器激活材料的最后关卡，其强度毋庸置疑，任何一场失败都意味着前功尽弃，玩家必须在属性、装备、职业搭配和实战技巧上都做好万全准备，才能完成这最后的临门一脚，让圣器重焕光芒。
