口袋妖怪火红版作为经典复刻作品，保留了初代关都地区的神兽体系，同时通过七岛剧情扩展了部分传说宝可梦的获取途径。游戏内可捕获的神兽主要分为三圣鸟、超梦、三圣兽等传统传说宝可梦，以及通过特殊事件触发的幻兽。这些神兽分布在特定地图区域，部分需要完成主线剧情或解谜才能触发遭遇。
三圣鸟作为最早可遭遇的传说宝可梦，分别栖息于电力设施、火山和冰窟。闪电鸟位于枯叶市无人发电厂深处，需携带地面系宝可梦抵抗其电系技能；火焰鸟固定刷新在一号岛灯火山顶，水系或岩石系招式能有效压制其火属性；急冻鸟则藏在双子岛瀑布后的冰洞，需推动岩石堵住水流才能进入核心区域。三者的等级均为50级左右，建议准备足够的高级球和状态异常道具。
超梦作为游戏中最强的超能力系神兽，需通关后完成七岛剧情才能在华蓝洞窟最深处遭遇。其等级高达70级，拥有极强的特攻和速度属性，建议使用恶系宝可梦对抗。三圣兽中的水君、炎帝、雷公则根据初始选择的御三家不同，在通关后随机出现在关都地区草丛中，等级约为50级，需通过大量草丛遭遇触发。
七岛区域还隐藏着迪奥西斯、洛奇亚等特殊神兽。迪奥西斯出现在第九座彩虹岛的拼图房间，等级30级但拥有形态转换特性；洛奇亚位于第八岛右下方海域，具备飞行与超能力双属性。通过特定道具还能在诞生之岛触发幻兽捕捉事件，但需要完成复杂的推石板解谜。
捕获神兽需注意战术准备和资源管理。将目标血量控制在红色状态并施加睡眠或冰冻异常状态能显著提升捕捉率，建议携带大师球应对高难度目标。不同神兽的属性弱点各异，提前组建针对性队伍是关键。游戏内神兽的分布与捕获条件设计体现了经典RPG的探索乐趣，合理利用地图线索和道具是成功收服的核心要素。
